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Jupyter notebook


  • Press the esc or O to Overview mode
  • Press the F to Fullscreen mode
  • Press the S to Speaker view

©amlight-qq

Mac 双击打开 ipynb 文件

  • 在Automator中新建 application
  • action中选择 run shell script
  • 将pass input改为 as arguments
  • 输入script 
    variable="'$1'"
the_script='tell application "terminal" to do script "jupyter notebook '
osascript -e "${the_script}${variable}\""
  • 将文件存为 xxx.app
  • 将ipynb文件的打开应用设置为 xxx.app

使用shell命令

In [4]:
!pwd

/Users/light/work/8-teaching&learning/0-preparing/6-topics/0-jupyter

查看命令帮助

在jupyter中就能实现快捷文档功能，使用方法就是在你想要查看的属性或方法之前加一个？，例如我们要查看python中的str()方法，就可以执行下图中的操作，jupyter会自动弹出一个窗口返回相关信息。

In [5]:
?str

查看数值

In [ ]:
a=1
a #with output
In [ ]:
a; #without output

IPython Magic命令

  • %lsmagic 显示所有magic命令
  • %run x.ipynb this will execute and show the output from all code cells of the specified notebook
  • %load x.py load other python file
  • %pycat test.py read file
  • %%time running time
  • %%writefile test.py write to file
  • %%prun 代码的执行性能分析，可以作为行命令和单元命令使用
In [6]:
%lsmagic
Out[6]:
Available line magics:
%alias  %alias_magic  %autocall  %automagic  %autosave  %bookmark  %cat  %cd  %clear  %colors  %config  %connect_info  %cp  %debug  %dhist  %dirs  %doctest_mode  %ed  %edit  %env  %gui  %hist  %history  %killbgscripts  %ldir  %less  %lf  %lk  %ll  %load  %load_ext  %loadpy  %logoff  %logon  %logstart  %logstate  %logstop  %ls  %lsmagic  %lx  %macro  %magic  %man  %matplotlib  %mkdir  %more  %mv  %notebook  %page  %pastebin  %pdb  %pdef  %pdoc  %pfile  %pinfo  %pinfo2  %popd  %pprint  %precision  %profile  %prun  %psearch  %psource  %pushd  %pwd  %pycat  %pylab  %qtconsole  %quickref  %recall  %rehashx  %reload_ext  %rep  %rerun  %reset  %reset_selective  %rm  %rmdir  %run  %save  %sc  %set_env  %store  %sx  %system  %tb  %time  %timeit  %unalias  %unload_ext  %who  %who_ls  %whos  %xdel  %xmode

Available cell magics:
%%!  %%HTML  %%SVG  %%bash  %%capture  %%debug  %%file  %%html  %%javascript  %%js  %%latex  %%markdown  %%perl  %%prun  %%pypy  %%python  %%python2  %%python3  %%ruby  %%script  %%sh  %%svg  %%sx  %%system  %%time  %%timeit  %%writefile

Automagic is ON, % prefix IS NOT needed for line magics.

Matplotlib 矢量图输出

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline

%config InlineBackend.figure_format = 'svg'

or

%config InlineBackend.figure_format = 'retina'

plt.savefig('tmp.pdf', bbox_inches='tight')
plt.show()

Matplotlib 动态输出

image display (multicolumns)

In [2]:
import os
from IPython.display import display, Image, HTML
#display()
Image("./cov.jpg",width=100)
a = "./cov.jpg"
In [3]:
report_html = ''
report_html = report_html + '<img src=' + '"img/jupyter/cov.jpg"'+ ' style="width: 100px" />'
report_html
display(HTML(report_html))
display(HTML("<table><tr><td><img src='img/jupyter/cov.jpg' style='width: 100px;'/></td><td><img src='img/jupyter/cov.jpg' style='width: 100px;'/></td></tr></table>"))
Drawing Drawing

使用 Makedown table

A B
alt alt

jupyter 输出变量功能调整

jupyter中有一个很好用的功能，无需print语句，输出单元格的最后一行的结果。这一功能可以进一步修改为显示所有单行的变量

In [ ]:
a,b=1,2
a
b
In [ ]:
from IPython.core.interactiveshell import InteractiveShell
InteractiveShell.ast_node_interactivity='last_expr'
In [ ]:
from IPython.core.interactiveshell import InteractiveShell
InteractiveShell.ast_node_interactivity='all'

jupyter widgets

In [4]:
from ipywidgets import interact
import ipywidgets as widgets

def f(x):
    return x
In [5]:
interact(f, x=True);
In [6]:
interact(f, x='Hi there!');
In [7]:
widgets.ColorPicker(
concise=False,
description='Pick a color',
value='blue',
disabled=False
)
In [8]:
tab_contents = ['P0', 'P1', 'P2', 'P3', 'P4']
children = [widgets.Text(description=name) for name in tab_contents]
tab = widgets.Tab()
tab.children = children
for i in range(len(children)):
    tab.set_title(i, str(i))
tab

jupyther theme

The detail can be found at https://github.com/dunovank/jupyter-themes

安装过程中可能的一些问题： https://www.jianshu.com/p/83e397970f73

$ conda install -c conda-forge jupyterthemes

!jt -l 查看 Available Themes: "chesterish, grade3, gruvboxd, gruvboxl, monokai, oceans16, onedork, solarizedd, solarizedl"。具体效果有人做了比较： https://blog.csdn.net/Techmonster/article/details/73382535

  • 更换主题 $jt -t onedork
  • 加载以后发现工具栏不见了? $jt -t onedork -N -T 在View中点击Toggle Toolbar
  • 恢复默认主题 $jt -r

jupyter nbconvert

官方网址：https://nbconvert.readthedocs.io/en/latest/usage.html

nbconvert 可以用以下命令将nb转化为其他格式文件，其中 FORMAT 可以为: HTML, LaTeX, PDF, Reveal.js HTML slideshow, Markdown, Ascii, reStructuredText, executable script, notebook.

$ jupyter nbconvert --to FORMAT notebook.ipynb

以下我们只重点提及 Reveal.js HTML slideshow。值得一提的是，不同格式的文档可以选择转换的格式，例如，LaTeX可以选择article或者report，notebook可以选择执行文档中的code再另存为。

config 可查看link

theme 可查看link包括：beige, black, blood, league, moon, night, serif, simple, sky, solarized, white。

slide show

在notebook中选择 View-->Cell Toolbar-->Slideshow，这样每个cell的右上角都可以选择类型。

  • Slide 一级的slide通过左右切换
  • Sub-Slide 二级slide，在一级slide播放时通过上下切换
  • Fragment需要点击才显示的内容（实现动态效果）
  • Skip在生成的slides中不显示
  • Notes备忘，在web展示的时候，按 s 键进入 presenter 的模式时会显示

具体效果可以访问：https://revealjs.com/#/ 。完成后，在Terminal中执行以下代码可以将nb文件，比如我这里的techs.ipynb，转化为xxx.slides.html文件，可用各类web浏览器演示。

$ jupyter -nbconvert --to slides techs.ipynb --reveal-prefix  'https://cdn.bootcss.com/reveal.js/3.5.0' --output xxx

如果不想要input cell显示在slide中，可以执行：

$ jupyter nbconvert no.ipynb --to slides --TemplateExporter.exclude_input=True --reveal-prefix  'https://cdn.bootcss.com/reveal.js/3.5.0' --output xxx

这里面 --to slides 表示转化为slides。官网指出 “By default, this will include a script tag in the html that will directly load reveal.js from a public CDN. This means that if you include your slides on a webpage, they should work as expected. However, some features (specifically, speaker notes & timers) will not work on website because they require access to a local copy of reveal.js.” --output xxx 为输出文件名称。--reveal-prefix 'server name' 则指明了转化时用的 reveal.js，以上用到了web页的版本，转化后无法打开presenter模式，也就无法看到notes。我们也可以装local版本，这样可以方便的打开presenter模式，而这一步比较麻烦。

安装 reveal.js 需要 nodejs，过程如下：

nodejs

安装nodejs https://nodejs.org/zh-cn/

node -v

reveal.js

首先，一些简单介绍：https://sspai.com/post/42179

安装reveal.js，nbconvert官网给出的流程完美解决我的问题

$git clone https://github.com/hakimel/reveal.js.git
$cd reveal.js
$git checkout 3.5.0

其中最关键的是$git checkout 3.5.0。这一步我在其他各网络版本的说明中都没有看到，而仅仅git reveal.js到本地并不能建好本地的server。$git checkout 的作用是 "Updates files in the working tree to match the version in the index or the specified tree." 这个可以通过 $git help checkout 来查看。所以nbconvert生成的slides应该仅仅被固定版本的reveal.js支持。

按照网上流行版本，执行git clone https://github.com/hakimel/reveal.js.git，然后就可以用

$ jupyter nbconvert --to slides xxx.ipynb --reveal-prefix reveal.js --output xxx

但在我的mac上没有成功。开始我以为是仅仅git reveal.js不够，于是按照另一些并非针对jupyter的reveal说明，去建立local的grunt server。最终建好了server，但是还是无法用上面的命令转化nb文件。所以最关键的还是git checkout 3.5.0。以下是建立server的漫长过程：

执行 $npm install 显示错误

>puppeteer@1.20.0 install ...
Downloading Chromium  ... Failed to download Chromium ...

需要下载Chromium，结果应该是Chromium下载不了，所以失败。解决办法是忽略掉下载，执行以下

npm i --save puppeteer --ignore-scripts

接着运行 npm start 还是报错

> grunt serve
Loading "Gruntfile.js" tasks...ERROR
>> Error: ENOENT: no such file or directory, scandir '.../reveal.js/node_modules/node-sass/vendor'
Warning: Task "serve" not found. Use --force to continue.

据说这个问题很坑。试过方法 npm rebuild node-sass 还是报错 Error: not found: python2。最终解决办法如下，

npm install node-sass --save-dev

然后 npm start 网页弹出，终于好了！可以通过运行 npm start --port=8001 换端口。替换index.html可演示其他slides

http://localhost:8000/index.html#/
http://localhost:8000/index.html?print-pdf#/

未测试

  • jupyter lab地址栏里lab改成tree就回到jupyter notebook了